La logística portuaria es fundamental para la competitividad de Honduras, ya que, es una puerta para la inversión y comercio internacional. El país cuenta con 4 puertos marítimos en el Caribe y uno en el Pacífico.
En el Océano Atlántico tenemos Puerto Cortés, Puerto Castilla, La Ceiba, Roatán y Tela; en el Océano Pacífico encontramos los puertos de Amapala y Henecán/San Lorenzo.
Puerto Cortés, en la Costa Atlántica, es el puerto más grande y eficiente de América Central. Provee servicio las 24 horas, y cuenta con modernas instalaciones de roll-on/roll-off (Ro-Ro), y de refrigeración.
Además, es el único puerto del CA-4, y uno de los pocos a nivel global, que cuenta con 3 certificaciones integrales:
- Es la única terminal de la región que posee la iniciativa Container Security Initiative (CSI), otorgado por la U.S. CBP (Protección de Aduanas y Fronteras de EE. UU., por sus siglas en inglés).
- Cumple con la normativa: Código International Maritime Dangerous Goods (IMDG).
- Certificación Internacional de Seguridad: Código para la Protección de Buques e Instalaciones Portuarias (Código PBIP), generada por la Organización Marítima Internacional.
Además, como parte de la iniciativa del Departamento de Energía de EE. UU, Puerto Cortés ha sido certificado como Megapuerto.
La Guardia Costera Estadounidense considera al país como modelo a seguir en seguridad portuaria, es por eso que bajo la ICS, cuentan con una oficina de aduanas y guardia fronteriza.

DATOS IMPORTANTES:
- Tiempo a Miami por la vía marítima: 48 -72 horas.
- Servicio de contenedores: 10 veces por semana a Miami, 4 veces por semana a Nueva Orleáns, 4 veces por semana a Nueva York vía Miami, y, 2 veces por semana a Europa.
- Servicio desde el Lejano Oriente hacia Honduras y viceversa: 35 días vía EE. UU. y transbordo (Caribe), y 28 a 30 días vía Panamá y transbordo (Pacífico).